По своему значению проект "Геном человека" рассматривается как сопоставимый с космической программой, а потому можно утверждать, что не следует ожидать соответствия между вложениями и их отдачей. Стоимость проекта оценивается в 3 миллиарда долларов США, которые предполагается потратить в течение 15 лет, что составляет 200 миллионов ежегодно. Эта стоимость не покажется чрезмерной, если знать, что за последние четыре года только в США Фондом муковисцидоза было затрачено 120 миллионов долларов на лечение одной этой болезни. Другими словами, финансовые опасения не должны останавливать реализацию проекта.
Другим вызывающим беспокойство обстоятельством является существующий в некоторых странах запрет на финансирование клинических исследований на эмбрионах человека. Потратив деньги на картирование генов, нельзя будет найти средств для клинических исследований, опирающихся на его результаты.