О расчетах с заказчиком по невыполненным работам

Компания-поставщик заключает договор с заказчиком. Определенный объем работ выполнен, выставлены счета-фактуры, накладные, но у заказчика имеется частичная задолженность по данному объему работ. Компания-поставщик выставляет счет на новые работы тому же заказчику, по этому счету делают предоплату. Подскажите, считать ли этот платеж авансовым платежом (следовательно, нужно ли на эту сумму выставлять авансовый счет-фактуру) либо зачесть данную сумму на предыдущую задолженность? (Программа 1С так и делает.) Как на такую ситуацию реагируют налоговые органы?